Program Studi Magister Manajemen Fakultas Ekonomi UPN “Veteran” Yogyakarta secara resmi berdiri pada tahun 2001, melalui Surat Keputusan Dirjen Dikti Depdiknas No.: 3101/D/T/2001 tertanggal 26 September 2001. MM-FE UPNVY adalah program studi lanjut (S.2) tingkat Pascasarjana di bidang manajemen. Pada awalnya, pendidikan pascasarjana hanya diselenggarakan oleh universitas. Namun seiring dengan berjalannya waktu, sejak tahun 2015 penyelenggaraan pendidikan pascasarjana diserahkan kepada fakultas yang relevan.
Tujuan utama dari pendirian program Magister Manajemen adalah untuk menghasilkan calon manajer profesional yang berkualitas. Karena itu pendidikan Magister Manajemen ini disebut pendidikan S 2 studi manajemen jalur profesi. Sebagai suatu program pendidikan yang bertumbuh menuju dewasa, program studi Magister Manajemen membutuhkan kerja keras dan waktu persiapan yang cukup panjang baik dalam hal pengembangan kurikulum maupun dalam hal pengembangan fasilitas pendidikan yang sesuai standar pendidikan MBA dan kebutuhan industri. Pengembangan kurikulum MM-FE UPNVY berdasarkan pertemuan dan diskusi dengan berbagai Alumni. Sedangkan pengembangan fasilitas, mayoritas masih dari lembaga. Saat ini MM-FE UPNVY telah terakreditasi dengan nilai B.
Keberadaan Program Studi MM-FE UPNVY UPN “Veteran” Yogyakarta adalah untuk membekali mahasiswa dengan kompetensi di bidang manajemen. Sesuai dengan Visi UPN “Veteran” Yogyakarta, Program Studi MM UPN “Veteran” Yogyakarta memiliki Visi: Menjadi Program Studi Magister Manajemen terdepan, modern, dan mandiri dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi dilandasi moral Pancasila, jiwa kejuangan dan wawasan kebangsaan dalam rangka menunjang pembangunan nasional.
Program Studi MM-FE UPNVY banyak melakukan berbagai penyesuaian dalam peminatan konsentrasi. Konsentrasi yang ditawarkan adalah Manajemen Pemasaran, Manajemen Sumber Daya Manusia, dan Manajemen Keuangan. MM-FE UPNVY memperkenalkan konsentrasi baru, Manajemen Operasi dan Manajemen Strategik dalam rangka melengkapi konsentrasi yang ditawarkan oleh peminatan. Dengan diperkenalkannya konsentrasi baru ini maka MM-FE UPNVY telah melengkapi seluruh area dari fungsi manajemen.
Gelar Magister Manajemen (MM) diperoleh dengan penyelesaian total 45 SKS. MM-FE UPNVY memelihara hubungan dengan alumninya melalui interaksi yang konstruktif untuk mendukung kegiatan pembelajaran yang berkelanjutan dan dalam rangka membangun jaringan. Hasil pembelajaran dari program ini adalah para manajer yang profesional dengan pengetahuan yang kuat, kepemimpinan, dan kemauan untuk selalu mengedepankan etika dalam segala aspek. Hasil belajar tersebut merupakan manifestasi peningkatan individu dalam pengayaan ilmu, perubahan pola pikir, dan pengarahan tindakan positif terhadap aspek sosial dan lingkungan yang berkelanjutan. Tujuan PPS MM menghasilkan lulusan yang mampu berpikir analisis, kritis, dan sintesis dan mengembangkan soft skill agar mampu bersaing dengan pasca sarjana yang lainnya.